Nếu Thần đạo và Phật giáo có thể so sánh với “mặt nước đại dương” mà mọi người đều nhìn thấy, thì tôn giáo dân gian là “dòng cửu cửu” – những niềm tin và thực hành truyền thống được truyền qua các thế hệ cách một cách tự nhiên, thường không được chép thành văn bản hay có tổ chức tôn giáo chính thức. Đặc điểm quan trọng nhất của tôn giáo dân gian là tính thực dụng và chiết trung : nó không quan tâm đến giáo lý thần học hay sự tinh khiết giáo phái mà tập trung vào công việc đối phó với các vấn đề thực tế của cuộc sống hàng ngày – mùa ngủ bội thu, sức khỏe tốt, an toàn gia đình, tránh tai họa.
Một yếu tố nổi bật của tôn giáo dân gian là thờ cúng tổ tiên (sosen sūhai – 祖先崇拝) . Mặc dù điều này thực hiện hành động này thường được thực hiện theo nghi lễ Phật giáo, nguồn gốc của nó là bản địa và có liên hệ mật thiết với Thần đạo. Người Nhật tin rằng linh hồn tổ tiên vẫn tiếp tục tồn tại và có thể bảo vệ cháu nếu được tôn thờ đúng cách. Trong lễ Obon (お盆) – lễ hội linh hồn được tổ chức vào tháng 7 hoặc 8 âm lịch – người ta tin rằng linh hồn tổ tiên trở về nhà, và các gia đình hấp dẫn đèn lồng để dẫn đường cho họ, dốc bữa ăn đặc biệt, và sau đó cùng họ bằng những chiếc thuyền đèn trôi trên sông. Đây là sự pha trộn tinh tế giữa Phật giáo (khái niệm về thế giới bên kia) và tín ngưỡng ngưỡng bản địa (linh hồn tổ tiên như kami).
Tôn giáo dân gian cũng bao gồm niềm tin vào các linh thể địa phương và thiên nhiên ngoài các kami chính thức của Thần đạo. Yōkai (妖怪) – các sinh vật siêu nhiên, yêu quái – là một phần quan trọng của dân gian học Nhật Bản. Chúng bao gồm kitsune (狐 – cáo) có ma thuật với khả năng hóa thân thành người, tanuki (狸 – chó raccoon Nhật) tinh nghịch, tengu (天狗 – yêu thiên cẩu) sống trên núi, kappa (河童 – yêu sông) nguy hiểm nhưng cũng có thể giúp đỡ con người. Những sinh vật này không thuộc về thần linh thần đạo chính thống nhưng được người dân nông thôn tin tưởng và có những nghi lễ riêng để xoa dịu hoặc tránh xa chúng. Một khía cạnh khác là onmyōdō (陰陽道) – đạo Âm Dương – một hệ thống tín ngưỡng và thực hành ma thuật du nhập từ Trung Quốc, kết hợp các yếu tố của Đạo giáo, mộc tinh, phong thủy, và bói toán để mong đợi tương lai và tránh tai họa.
Điểm đặc biệt quan trọng là trong khi Thần đạo và Phật giáo có các thần thờ và chùa chính thức , tôn giáo dân gian diễn ra ở mọi nơi – tại các bàn thờ gia đình đình nhỏ, các linh thiêng địa phương không có tư tế chính thức, lễ hội hội làng cộng đồng dân tộc tự tổ chức. Nó không có lý do cố định hay kinh thánh mà là tập hợp các thực hành và niềm tin có thể được truyền tải, phù hợp với từng địa phương và biến đổi theo thời gian. Tôn giáo dân gian cũng mở rộng hơn với sự chiết trung – tự do vay mượn yếu tố từ nhiều nguồn khác nhau mà không thấy rắn chắc. Chính sự linh hoạt này làm cho tôn giáo giáo dân gian trở thành lớp nền văn hóa mà Thần đạo và Phật giáo đều dựa vào, tạo nên bức tranh tôn giáo phong phú và đa tầng của Nhật Bản.
