Đền thờ Thần đạo được coi là nơi cư trú của kami, nơi linh thiêng được phân biệt với thế giới phàm tục. Dấu hiệu nhận biết đặc trưng nhất của một đền thờ là torii (鳥居) – cổng màu đỏ son (hoặc gỗ tự nhiên) đánh dấu đường vào vùng thiêng, biểu tượng cho sự chuyển đổi từ thế giới trần tục sang thế thánh. Khi bước qua cổng torii, người ta bước vào lãnh thổ của kami và cần xử lý kính kính. Kiến trúc thiên thần thờ nhấn mạnh đơn giản và tự nhiên : các tòa nhà thường được xây dựng bằng chưa gỗ sơn, mái tranh lá cây, thể hiện kiềm thần đạo về tính chất thanh khiết và nguyên sơ của thiên nhiên.
Cấu hình cấu trúc của một đền thờ bao gồm: lối đi sandō (参道) dẫn vào, thường xuyên qua một khu rừng thiêng; đài rửa tay temizuya (手水舎) nơi người ngọc rửa tay và bạch mãng để thanh tẩy trước khi tiếp cận kami; haiden (拝殿) – gian thờ Phụ nơi người dân cầu nguyện; và honden (本殿) – gian chính điện nơi kami thực sự cư trú, thường không ai được vào ngoại trừ các tư tế cấp cao. Các đền thờ lớn như Ise Jingū được xây dựng lại theo định kỳ (mỗi 20 năm) để duy trì sự tươi mới và tinh khiết – một biểu tượng của quan niệm Thần đạo về tuần hoàn và tái sinh. Người dân đến đền thờ không phải để lắng nghe đạo hay tham dự dự lễ nhóm đều như trong Kit giáo, mà để thực hiện các hành động nghi lễ cá nhân : đổ tiền vào hòm đo góp, chim ưng tay hai lần để gọi sự chú ý của kami, rải đầu cầu nguyện, và mua các omamori (お守り – bùa hộ mệnh) hay ema (絵馬 - bảng nguyện nguyện) để viết mong muốn.
Chùa Phật giáo , ngược lại, có kiến trúc phức tạp và trang trí công phu hơn, phản ánh ảnh hưởng nhẹ nhàng từ Trung Quốc và Ấn Độ. Đặc điểm nhận biết chùa là tháp nhiều tầng (chùa – 塔) chứa xá lợi, cổng sanmon (山門) hùng vĩ thường có tượng hai vị hộ pháp (Niō), và butsuden (仏殿) – gian Phật thờ tượng Phật chính. Chùa Phật giáo bình thường có sân vườn được thiết kế cẩn thận – đặc biệt là vườn đá Zen (karesansui – 枯山水) với cát sỏi được cào thành hoa văn sóng và đá tượng trưng cho núi hay đảo, tạo không gian thiên định. Không giống như đền thờ Thần đạo nhấn mạnh thanh tẩy và tinh khiết, chùa Phật giáo là nơi cho tu tập tâm linh, thiên định và nghiên cứu giáo lý . Các tăng lữ sinh sống và tu hành tại chùa, cúng kinh, thực hành thiên, và cung cấp các nghi lễ như tang lễ, cầu siêu cho người mất.
Trong thời kỳ shinbutsu-shūgō, nhiều chùa có các thần thờ Thần đạo nhỏ trong khuôn viên (jingu-ji) và nhiều đền thờ có các chùa nhỏ (bettō-ji), có thể thực hiện việc gắn bó mật thiết. Ngày nay, mặc dù đã phân biệt chính thức, hai loại không gian này vẫn thường xuyên ở gần nhau và nhiều người Nhật cả hai trong cùng một ngày mà không thấy nhất quán. Đền thờ và chùa đóng vai trò chơi không chỉ là nơi mà còn là trung tâm văn hóa cộng đồng , nơi tổ chức các lễ hội (matsuri), phát triển phòng thí nghiệm nghệ thuật, lớp học giáo dục trà hay thư pháp và các sự kiện xã hội. Chúng là những thứ không chứa khối di sản văn hóa, kiến trúc cổ và truyền thông nghệ thuật Nhật Bản.
