Phật giáo đã biến đổi sâu sắc phong cảnh tâm linh, văn hóa, nghệ thuật và xã hội Nhật Bản trong suốt hơn 1.400 năm. Khi Phật giáo lần đầu tiên đến Nhật Bản vào giữa thế kỷ thứ 6, nó gặp phải sự phản phản chính trị từ dòng họ Mononobe bảo thủ, những người lo rằng “các kami của đất nước chúng ta sẽ bị xúc phạm nếu chúng ta gặp một kami ngoại lai.” Tuy nhiên, dòng họ Soga tiến bộ, mong muốn một tầm nhìn quốc tế hơn cho đất nước, đã ủng hộ Phật giáo. Bước một quyết định xảy ra khi Thái tử Shōtoku (574-622) cải thiện đạo sang Phật giáo và hỗ trợ nó từ ngai vàng, ban hành Hiến pháp 17 điều khoản nổi tiếng với ảnh hưởng Phật giáo mạnh mẽ. Từ đó, Phật giáo không được chấp nhận mà vẫn trở thành thành công cụ nó thống nhất nhà nước, mặc dù không bao giờ trở thành thành tôn giáo quốc gia.
Quá trình đồng hóa diễn ra hai chiều một cách độc lập. Người Nhật không đơn giản từ bỏ Thần đạo mà cho rằng cả hai đều đúng và tìm cách giải quyết chúng. Lý thuyết chính trong thời trung cổ là honji suijaku (本地垂迹) – “bản địa thủy tích”, nghĩa là “đất nguyên thủy và dấu vết”. Theo quan điểm này, các vị Phật và Bồ-tát là “bản địa” (honji) – nguyên tắc trí tuệ ban đầu – trong khi các kami là “thủy tích” (suijaku) – những biểu hiện tạm thời của trí tuệ xuất hiện tại Nhật Bản. Ví dụ, phái Shingon tin rằng Amaterasu là biểu hiện tạm thời của Đại Nhật Như Lai (Mahāvairocana/Dainichi). Theo thời gian, các giải pháp khác nhau xuất hiện: đầu tiên, kami bản thân cũng cần độ; thứ hai, kami là người bảo vệ Phật giáo; thứ ba (quan điểm đảo ngược), kami mới là nguồn chân thật của giác ngộ mà Phật chỉ tạm thời biểu hiện.
Ảnh hưởng của Phật giáo sâu vào mọi khía cạnh đời sống Nhật Bản. Về mặt văn hóa và nghệ thuật , Phật giáo mang đến kiến trúc chùa tháp tinh tế, điêu khắc Phật tượng tuyệt đẹp, hội họa Phật giáo với thẩm mỹ tinh tế, và nghệ thuật thư pháp. Về giáo dục , các chùa trở thành trung tâm học tập, nơi giới quý tộc và tăng hành trình nghiên cứu kinh điển, sạch học, y học và khoa học. Về văn học , Phật giáo đóng góp khái niệm vô thường (mujō – 無常) – mọi thứ đều phù du tạm bợi – một chủ đề xuyên suốt văn học cổ điển Nhật Bản như “Chuyện Genji” hay “Bình gia vật ngữ”. Về xã hội , Phật giáo mang lại một hệ thống giải trí thích về cái chết và thế giới bên kia mà Thần đạo còn thiếu. Chính vì vậy, người Nhật có câu nói: “Sinh là Thần đạo, tử là Phật giáo” – đám cưới theo nghi lễ Thần đạo vui tươi nhưng tang lễ theo nghi lễ Phật giáo trang trọng.
Vào thời Minh Trị (1868-1912), chính quyền ban hành Sắc lệnh Phân ly Thần-Phật năm 1868 (Shinbutsu Bunri Rei), yêu cầu tách biệt hai tôn giáo. Tăng lữ Phật giáo liên kết với thần thờ Thần đạo phải hoặc được phong lại làm tư tế Thần đạo hoặc trở lại đời thường. Đất đai của chùa bị tịch thu và lễ nghi Phật giáo bị bãi bỏ trong hoàng gia. Tuy nhiên, mặc dù dù chính thức phân biệt, Phật giáo và Thần đạo vẫn tiếp tục duy trì mối liên hệ hợp tác. Ngày nay, hai tôn giáo đồng tồn tại một cách chia giới hơn: Thần đạo lo các nghi lễ sinh (sinh nhật, đám cưới, lễ hội) trong khi Phật giáo lo các nghi lễ tử tử (tang lễ, tưởng niệm tổ tiên), thể hiện di sản lâu dài của shinbutsu-shūgō.
